El Jefe del SAT Cajamarca es el cargo de mayor nivel jerárquico de la entidad, actualmente está bajo la responsabilidad del Abog. Cristian Paúl Pajares Rabanal.

Al Jefe del SAT Cajamarca le corresponde la representación legal, dirección, organización y administración de la entidad, con las facultades y atribuciones que se señalan en la Ordenanza N° 021-2003-MPC, el Estatuto de la entidad y su Reglamento de Organización y Funciones.

Los Funcionarios de Confianza ocupan la Gerencia de Administración, Gerencia de Operaciones, Oficina de Asesoría Jurídica y la Oficina de Informática; el resto de trabajadores son Servidores Públicos.

La clasificación de todo el personal del SAT Cajamarca, tiene como marco normativo lo dispuesto en el artículo 4º de la Ley Marco del Empleo Público - Ley Nº 28175.